След нашествието на османците и падането и на столицата Търново през 1393 г., всички
български земи преминават под духовното ведомство на Цариградската
патриаршия. Поробеният български народ е представляван пред султана от
цариградския патриарх и е считан като част от “рум милета” (“гръцки
народ”, т. е. християнското население в османската империя).
Окончателният
разрив на ямболци с владиката и върховенството на гръцката църква става
на 18 октомври 1866 г., когато в храма „Св. Георги” за пореден път не е
допуснат владиката и са изгорени гръцките книги. От тази дата вече не
се поменават в молитвите имената на владиката и патриарха, а службите се
водят на български език.
Финалът на църковно-националните борби е
обявяването на независимостта на българската църква на 28 февруари 1870
г. и узаконен с ферман от Високата порта. Според екзархийския устав
Ямболската каза преминава под върховенството на създадената през 1873
г. Сливенска епархия.
Иначе първите писмени сведения за църковен
живот в новосъздадената след завладяването на Ямбол българска махала
„Каргона“ са от 1587/1588 година, когато са споменати имената на
четирима попове в селището, но не са споменати конкретни храмове.
За
връзката на българското население с християнството е доказателство
фактът, че двеста ямболци правят дарения през 1720 г. за
възстановяването на църква „Св. Възкресение“ в Йерусалим, където се
намира гробницата на Исус Христос. Затова свидетелства лично в своите
книги йерусалимският патриарх Хрисант Нотара, който идва в града на 7
юни (18 юни по сегашния ни календар) 1720 г. Отсяда в къщата на кир
(г-н) Авраам Лефтери, който най-вероятно е бил свещеник в църквата „Св.
Георги“ и Божигробски наместник (представител, „почетен консул“) в
Ямбол. Урната (кутията) за събиране на помощи е поверена под надзора на
епитроп Захария, който е и първият вписан от патриарха дарител от нашия
град за Божи гроб. Хрисант отбелязва, че в Ямбол има 2 енории: „Св.
Георги“, която била по-голяма, и „Св. Троица“, а освен това имало и
„кастрини“, т.е. „обитатели на (или „живеещи в“) крепостта“.